Hüdrotermilise juhtimissüsteemi põhiülesanne on kütuseelemendisüsteemi soojusbilansi säilitamine, liigse soojuse taaskasutamine ja kütuseelemendisüsteemi käivitamisel lisaküte, et kütuseelemendi korstna sisemus jõuaks kiiresti sobivas temperatuurivahemikus ja tagamaks, et katood asub anoodi mõlemal küljel parimas tööpiirkonnas.
Veesoojuse juhtimissüsteem koosneb peamiselt elektroonilisest termostaadist, elektroonilisest veepumbast, radiaatorist, deionisaatorist ja paisupaagist.
Elektroonilise termostaadi ülesanne on reguleerida jahutussüsteemi suure ja väikese tsirkulatsiooni veevoolu ava reguleerimise teel, et saavutada täpne temperatuuri reguleerimine.